Çene eklemine bağlı baş ağrısı genellikle çiğneme sırasında artar, sabahları çenede yorgunluk hissiyle başlar ve kulağa, şakaklara yayılır. Migren ise daha çok zonklayıcı karakterdedir, ışık-ses hassasiyetiyle birliktedir ve genellikle tek taraflıdır. TMJ kaynaklı baş ağrıları, çene açma-kapama hareketiyle tetiklenir; bu özellik ayırıcı tanıda önemli rol oynar. Tanı için çene eklemi muayenesi ve gerekirse görüntüleme (MR, panoramik röntgen) yapılmalıdır.
